首先，我国医药冷链物流存在地区发展不均衡的现象，资源存量较少。据相关机构统计，2017年，我国冷藏车保有量为14.1万台，铁路方面的冷藏车仅占3%，而这一比例在英国和美国已分别达到2.6%和1%。其次是从技术层面而言，我国医药冷链物流企业在进货和出货时，仍采用人工对温度进行测量和记录，无法实现全过程温度测定，甚至断链的现象时有发生。与此同时，我国的医药物流人才的急剧匮乏也导致这一领域发展问题多多。医药冷链物流对于人才有着较高的需求，不仅需要懂得物流方面的知识还需要医药知识。虽然医药物流行业的人才缺口较大，但目前，大多院校并没有专门设置医药物流，企业招聘的物流或医药人才也需要后期培养。
尽管近年来我国药品物流发展较为快速，但相对国际水平，我们的医药冷链仍存在不足：一是，药品冷链标准不统一；二是，运营效率低，成本高；三是，全城追溯体系尚未建立；四是，人才仍旧匮乏。
与医药冷链发达国家相比，我国的医药冷链物流行业仍显的小而散。目前，小、散、乱的局面依旧没有得到有效扭转。导致的直接后果就是流通环节众多，流通成本高居不下。
公开数据显示，我国医药冷链物流的成本占销售总成本的比例为12%，是美国的4倍。同时，我国医药冷链物流中的设施建设费用、电费、检测费等均处于较高水平。在硬件设施方面，一辆符合标准的冷藏车低需要50万元；而冷链物流的温度控制系统、配套运作管理系统等，至少也需要几十万元的支出。
从多家医药公司及业内人士处了解到，医药冷链的配套设备包括储存疫苗的低温冷库、冰徘速冻器、普通冷库、运送疫苗专用冷藏车、疫苗运输车、冰箱、冷藏箱、冷藏背包以及计算机和零配件等。